Всего в современной Японии выделяют тринадцать школ и пятьдесят шесть подшкол, этот перечень был составлен в конце XIX века (в эпоху Мэйдзи) в результате государственного упорядочения системы храмов и монастырей и отделения синто от буддизма.

В число тринадцати школ входят:

1. Хоссо-сю 法相宗 — философская школа традиции йогачары, появилась в период Нара;
2. Кэгон-сю 華厳宗 — философская школа, рассматривающая мир феноменов как единое целое, происходит от одноимённой китайской школы Хуаянь, появилась в период Нара;
3. Риссю 律宗 — монашеская школа винаи, появилась в период Нара;
4. Сингон-сю 真言宗 —  тантрическая школа;
5. Риндзай-сю 臨済宗 — самая старая дзенская школа, делится на множество подшкол;
6. Со-сю 曹洞宗— дзенская школа, популярная среди широких масс;
7. Обаку-сю 黄檗宗 — синкретическая школа, сочетающая дзен и амидаизм;
8. Тэндай-сю 天台宗) — синкретическая школа, переводится как «опора небес», долгое время лидирующая при дворе, известная также участием в бурных философских и ритуально-магических конфликтах с Сингон-сю и даже в вооружённых конфликтах, сочетающая элементы многих учений и элементы тантризма, дала начало амидаистским школам и Нитирэн-сю;
9. Юдзу-нэмбуцу-сю 融通念仏宗) — амидаисткая школа, выросшая из Тэндай-сю;
10. Дзёдо-сю 浄土宗 — самая старая амидаистская школа;
11. Дзёдо-синсю 浄土真宗 — наиболее популярная амидаистская школа;
12. Дзисю 時宗 — амидаистская школа, выросшая из Дзёдо-сю;
13. Нитирэн-сю 日蓮宗 — школа Лотосовой Сутры, выросшая из Тэндай-сю, очень социально активная, разделённая на много подшкол.

Исторически существовали ещё и другие школы, которые не были признаны официально или представляются теперь через храмы основных школ. Кроме того в последнее время возникло немало новых околобуддийских школ и течений, в том числе нью-эйджевских и синкретических.

Особо стоит отметить школу Татикава рю 立川流 сведения о которой малочисленны и противоречивы.

Хороший источник - Сайт Надежды Николаевны Трубниковой по японскому буддизму

Разные материалы:

Фудо МёО

Мариситэн

Мёкэн 

Описание практик кудзи и дзюдзи в книге Отакэ Рисукэ Сэнсея 1977 года

Описание практик кудзи и дзюдзи в книге Отакэ Рисукэ Сэнсея 2007 года

Кудзи, кудзи-кири и кудзи-госин-хо. Часть 1. Статья Сергея Бабкина

Кудзи, кудзи-кири и кудзи-госин-хо. Часть 2. Статья Сергея Бабкина

Кудзи, кудзи-кири и кудзи-госин-хо. Часть 3. Статья Сергея Бабкина